Parafia pod wezwaniem Miłosierdzia Bożego w Zakopanem została erygowana przez kardynała Franciszka Macharskiego w dniu 25 grudnia 1985 roku.

Życie parafialne koncentrowało się w tym czasie przy kaplicy Matki Bożej Królowej Apostołów.

Kościół parafialny budowany był w latach 1989-1994. Dnia 24 września 1994 roku ksiądz kardynał Franciszek Macharski poświęcił nowy kościół pod wezwaniem Miłosierdzia Bożego.

Pierwszym proboszczem, od erygowania parafii do 27 czerwca 1995 roku, był ks. Paweł Sukiennik. Następnie: ks. Wojciech Jakubiec (do 30.06.2012), a od 1.07.2012 ks. Piotr Pławecki.

Od 1995 roku rozpoczęto realizację wystroju świątyni według projektu Joanny i Bogusława Kulków.

Witraże są dziełem Agaty i Dariusza Logów. Tabernakulum i inne elementy metalowe zaprojektował i wykonał inżynier Prokopowicz. Ołtarz, chrzcielnice i inne elementy marmurowe zostały wykonane w pracowni inżyniera Janusza Skowrona.

KAPŁANI POSŁUGUJĄCY W PARAFII MIŁOSIERDZIA BOŻEGO W ZAKOPANEM-CHRAMCÓWKACH

1. KS. SUKIENNIK PAWEŁ, PROBOSZCZ 1984-1995
2. KS. SKOWRONEK STANISŁAW, WIKARIUSZ 1984-1994
3. KS. ŚWIDER RYSZARD, WIKARIUSZ 1985-1987
4. KS. CYGAN WIESŁAW, KAPELAN SZPITALA 1986-1992
5. KS. GACEK SZCZEPAN, WIKARIUSZ 1986-1988
6. KS. FLANEK MARIUSZ, WIKARIUSZ 1988-1992
7. KS. RUDEK TADEUSZ, WIKARIUSZ 1991-
8. KS. KOPEĆ KRZYSZTOF, KAPELAN SZPITALA 1992-1998
9. KS. WARTA JAN, WIKARIUSZ 1992-1994
10. KS. HOPCIAŚ ZYGMUNT, WIKARIUSZ 1994-1995
11. KS. BRODOWSKI BOGDAN, WIKARIUSZ 1994-1998
12. KS. JAKUBIEC WOJCIECH, PROBOSZCZ 1995-2012
13. KS. SZKLANY STANISŁAW, WIKARIUSZ 1995-2004
14. KS. GIBAŁA JAN, KAPELAN SZPITALA 1998-1999
15. KS. ZUBER JERZY, WIKARIUSZ 1998-2000
16. KS. SMAZA WIESŁAW, KAPELAN SZPITALA 1999-2009
17. KS. LASAK WOJCIECH, WIKARIUSZ 2000-2003
18. KS. HOPCIAŚ ROBERT, WIKARIUSZ 2003-2006
19. KS. TARGOSZ ZDZISŁAW, WIKARIUSZ 2004-2005
20. KS. RĄCZKA JANUSZ, WIKARIUSZ 2005-2009
21. KS. RAMS STANISŁAW, WIKARIUSZ 2006-2008
22. KS. JELEŃ BOGDAN, WIKARIUSZ 2008-2013
23. KS. PISZCZEK JACEK, WIKARIUSZ 2009-2011
24. KS. KUBAS ŁUKASZ, KAPELAN SZPITALA 2009-2013
25. KS. SUŁKO PAWEŁ, WIKARIUSZ 2011-2013
26. KS. PŁAWECKI PIOTR, PROBOSZCZ 2012-
27. KS. TARNAWA ZBIGNIEW, KAPELAN SZPITALA 2013-2015
28. KS. ZAHRADNIK WOJCIECH, WIKARIUSZ 2013- 2020
29. KS. DZIEDZIC MICHAŁ, WIKARIUSZ 2013-2015
30. Ks. PITEK ANTONI, KAPELAN SZPITALA 2015-2019
31. KS. ZABOROWSKI BARTOSZ, WIKARIUSZ 2015- 2017
32. KS. KRYSTIAN PIWOWARCZYK, WIKARIUSZ 2017-2019
33. KS. PIOTR BURTAN, WIKARIUSZ 2019 - 2022
34. KS. KAZIMIERZ KRÓŻEL, KAPELAN SZPITALA 2019-2021
35. KS. RAFAŁ KUDZIA, KAPELAN SZPITALA 2021 - 2023
36. KS. DARIUSZ PIETRZAK 2022 -
37. KS. ŁUKASZ KITA, KAPELAN SZPITALA 2023